Thông qua thực hiện tự chủ, diện mạo, quy mô, cách thức quản trị nhà trường và nhất là chất lượng đào tạo của các trường đã có những tiến bộ đáng kể. Điều đó đã khẳng định được sự đúng đắn, hiệu quả của một chủ trương lớn để thúc đẩy đổi mới giáo dục đại học.
Trong số những trường thực hiện tự chủ, Trường đại học Tôn Đức Thắng từ ngày thành lập đến nay đã gần 20 năm không nhận kinh phí đầu tư của ngân sách Nhà nước, trường đã nổi lên như một điển hình tiên tiến toàn diện, một mô hình quản lý mẫu mực, một thành công rất đáng tổng kết với nhiều kinh nghiệm cần nghiên cứu để đúc rút ra những điều tốt và chưa tốt của bản thân nhà trường, cũng như của cơ chế quản lý hiện hành.
Công văn viết: “Hiệp hội cho rằng, có được những điển hình như vậy là rất quý cho sự nghiệp chung. Đây đương nhiên trước hết là thành tích của bản thân nhà trường nhưng quan trọng hơn đó là thành công của chủ trương tự chủ đại học của Đảng và Nhà nước. Hiệp hội các trường đại học, cao đẳng Việt Nam đề xuất tuyên dương danh hiệu Anh hùng Lao động cho Trường đại học Tôn Đức Thắng.
Với trách nhiệm của tổ chức xã hội nghề nghiệp mà Trường đại họcTôn Đức Thắng là một trường hội viên, Hiệp hội các trường đại học, cao đẳng Việt Nam báo cáo đề nghị Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam, Bộ GD-ĐT quan tâm xem xét trình cấp có thẩm quyền phong tặng danh hiệu Anh hùng Lao động cho nhà trường”.
Tuy nhiên, trước sự tăng trưởng vượt bậc này, Trường đại học Tôn Đức Thắng đã bị nhiều nhà khoa học trong nước cáo buộc là có hoạt động mua bán bài báo quốc tế, cách thức tăng trưởng công bố của trường không lành mạnh, tạo giá trị ảo, lừa cộng đồng khoa học quốc tế, lừa dối người học.